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Andean Potato is a major crop for farmers in the Andes and represents an important gene pool for potato improvement. We present the population structure and genetic diversity of 88 Andigena accessions collected in Northwestern Argentina based on functional markers (25 SSR) distributed along 12 chromosomes. Polymorphic information content ranged from 0.40 to 0.87. A Bayesian approach, a Principal Coordinate Analysis and a Cluster Analysis revealed the presence of: I) a major group containing most of the Andean accessions and II) a smaller group including the out-group cv. Spunta and the sequenced genotype DM. Several group specific alleles were detected. AMOVA showed that 81% of the variability was within each group. Eleven of the SSRs analyzed are linked or within genes reported to regulate traits of nutritional and industrial interest. Additionally, the allelic variant of a photoperiod dependent tuberization regulator gene, StCDF1.2, was exclusively detected in accessions clustered in group II.ResumenLa papa andina es un cultivo importante para los agricultores en los Andes y representa un importante reservorio de genes para el mejoramiento de la papa. Aquí presentamos la estructura poblacional y la diversidad genética de 88 introducciones Andígenas, colectadas en el noroeste de Argentina, en base a marcadores funcionales (25 SSRs) distribuidos a lo largo de los 12 cromosomas. El contenido de la información polimórfica fluctuó entre 0.40 y 0.87. Una aproximación Bayesiana, un análisis de coordenadas principales y un análisis de agrupamientos, revelaron la presencia de: I) Un grupo principal constituido por la mayoría de las introducciones Andinas y II) un grupo más pequeño que también incluía a la variedad Spunta y al genotipo secuenciado DM. Se detectaron algunos alelos específicos de grupo. El análisis AMOVA mostró que el 81 % de la variabilidad estaba dentro de cada grupo. Once de los SSRs analizados están ligados o dentro de genes reportados asociados a caracteres de interés nutricional e industrial. Además, la variante alélica del gen regulador de la tuberización dependiente del fotoperíodo, StDF1.2, se detectó exclusivamente en introducciones del grupo II.