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Resumen La aterotrombosis en el sindrome antifosfolipido primario (SAF) y el lupus eritematoso sistemico (LES) constituye una enfermedad de caracter sistemico, en cuyo desarrollo interviene una compleja red de mediadores inmunologicos, procoagulantes, componentes inflamatorios y el estres oxidativo, todos ellos conducentes a la activacion del complemento, el dano endotelial y la activacion leucocitaria. Estudios genomicos y epigeneticos han contribuido asimismo a identificar nuevos biomarcadores que, junto a factores de riesgo tradicionales, han permitido delinear nuevos mecanismos patogenicos implicados en el desarrollo de trombosis y enfermedad cardiovascular ( CV ) en estos pacientes. Actualmente se estan estudiando nuevas herramientas terapeuticas para la prevencion de la enfermedad CV, tales como las estatinas, los inhibidores del interferon α o la coenzima Q10, entre otros. Los nuevos anticoagulantes orales pueden suponer tambien avances importantes en el tratamiento de estos pacientes. El presente estudio examina aspectos moleculares y terapeuticos asociados al diagnostico y el seguimiento de la enfermedad CV en SAF y LES.