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Évaluation du kit de PCR en temps réel MycoGENIE® Pneumocystis jirovecii pour le diagnostic moléculaire de la pneumocystose

Photo by willy_teee from unsplash

Pneumocystis jirovecii (Pj) est un champignon pathogene opportuniste strictement humain. Il colonise transitoirement et sans symptome l’arbre respiratoire des patients immunocompetents, et peut etre responsable d’infections pulmonaires severes chez les… Click to show full abstract

Pneumocystis jirovecii (Pj) est un champignon pathogene opportuniste strictement humain. Il colonise transitoirement et sans symptome l’arbre respiratoire des patients immunocompetents, et peut etre responsable d’infections pulmonaires severes chez les patients immunodeprimes. Le diagnostic biologique de pneumocystose repose sur la mise en evidence du pathogene a l’examen direct d’un prelevement pulmonaire profond. Si l’examen direct manque souvent de sensibilite, de nombreuses techniques de PCR se sont developpees pour ameliorer la sensibilite de detection du champignon. Les techniques de PCR quantitatives (qPCR) permettent de quantifier la charge fongique dans le prelevement, et potentiellement de differencier la colonisation de l’arbre respiratoire par Pj d’une veritable infection generalement associee a une charge fongique plus elevee. L’objectif de notre travail etait d’evaluer les performances du kit MycoGENIE ® P. jirovecii (Ademtech) dans le diagnostic de la pneumocystose en comparaison avec la technique de qPCR utilisee en routine au laboratoire de parasitologie-mycologie du CHU de Dijon. Soixante-dix-huit echantillons respiratoires (72 LBA, 3 ATP, 3 crachats) ont ete testes en parallele : 46 echantillons retrospectifs (preleves entre janvier 2016 et juin 2016 et conserves a −80 °C) et 32 echantillons prospectifs preleves entre juillet 2016 et septembre 2016. Les 78 echantillons ont ete extraits par l’automate Magtration System 12GC ® (Bionobis). Les deux techniques de PCR utilisees dans notre etude ciblaient la meme sequence d’ADN de 79 pb du gene mitochondrial codant la grosse sous-unite de l’ARN ribosomal (mtLSU rRNA). Les PCR ont ete realisees sur l’automate LC480 II (Roche Diagnostics). Le test MycoGENIE ® Pj contenait une gamme etalon permettant de quantifier la charge fongique du prelevement en nombre de copies/mL ainsi qu’un controle interne d’inhibition. Le kit est marque CE-IVD. Sur les 46 echantillons testes retrospectivement, 36 etaient positifs et 9 etaient negatifs par les deux techniques. Un seul resultat etait discordant (negatif avec la technique de notre laboratoire et positif avec le kit MycoGENIE ® Pj ). Les resultats des 32 echantillons testes prospectivement etaient concordants (12 positifs et 20 negatifs). La concordance entre les 2 tests est donc de 98,7 %. Aucun inhibiteur n’a ete detecte avec le kit MycoGENIE ® Pj . La detection de l’ADN a ete plus precoce pour l’ensemble des echantillons positifs avec le kit MycoGENIE ® Pj , avec un seuil de detection plus precoce en moyenne de 1,2 cycle. Le resultat discordant concernait un patient atteint d’une leucemie aigue myeloblastique en aplasie post-inductive intensive pour lequel la radiologie et la clinique orientaient le diagnostic vers une pneumopathie interstitielle hypoxemiante et bilaterale. La quantification de l’ADN n’a pas permis de definir de seuil pour differencier pneumocystose maladie et colonisation : des taux tres faibles ont ete retrouves chez des patients dont le diagnostic retenu etait une pneumocystose ; a l’inverse, des taux eleves d’ADN de Pj etaient observes chez des patients consideres comme colonises. D’autres elements comme le terrain, l’aspect radiologique, la clinique et d’autres marqueurs biologiques ( ex. β -glucanes) devraient etre pris en compte pour preciser le diagnostic de pneumocystose ou de colonisation a Pj.

Keywords: kit mycogenie; pneumocystis jirovecii; kit; ont ete; jirovecii

Journal Title: Journal De Mycologie Medicale
Year Published: 2017

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