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Introduction Le pourcentage de la tuberculose pulmonaire a microscopie negative est en augmentation dans les pays ou sevit le VIH, son diagnostic repose dans les pays a ressources limitees sur un contexte clinique evocateur et signes radiologiques. Elle constitue une partie importante de la tuberculose non diagnostiquee. Elle est associee a des reponses mediocres au traitement et un taux augmente de deces vu le diagnostic tardif ou non-diagnostic. Elle est responsable de 13 % de transmission. Le Genexpert est une technique automatisee en temps reel qui permet la detection rapide du mycobacterium tuberculosis et la resistance a la rifampicine. Methodes Etude prospective portant sur 30 cas de tuberculose pulmonaire a microscopie negative colliges en service de phtisiologie de l’Hopital Moulay Youssef de Rabat. Tous les malades ont beneficie d’au moins 3 recherches de BK dans les expectorations. Resultats La population d’etude comprenant : 24 hommes (80 %) et 6 femmes (20 %) dont l’âge moyen etait de 45,5 ans, 6 % etaient diabetiques et 13 % seropositifs VIH. Au total, 46 % etaient des nouveaux cas dont 10 % avec de notion de contage tuberculeux recent, 44 % des rechutes et 20 % des abondants de traitement. Les signes fonctionnels etaient domines par toux et fievre. Les lesions radiologiques etaient etendues dans 43 % des cas, localisees dans 37 %, pyopneumothorax dans 17 % des cas et un seul cas de miliaire. La recherche de BK par expectoration induite etait faite chez tous les patients et dans le liquide d’aspiration bronchique dans 33 % des cas et etait negatives dans tous les cas. La sensibilite du Genexpert etait de 67 % pour les TPM-C+ et 16 % pour les TPM-C−. Cependant, le Genexpert etait negatif dans 20 % des cas de TPM-C+ (une culture dans les expectorations, 3 dans le liquide d’aspiration bronchique et une dans le liquide pleural). Le Genexpert etait realise dans les expectorations chez tous les patients, dans le liquide d’aspiration bronchique chez deux patients et dans le liquide pleural chez un patient (il etait positif). Aucun cas de resistance a la rifampicine n’a ete detecte. Conclusion Le Genexpert est un test rapide, simple et fiable. Notre etude suggere que l’application du Genexpert sur un seul specimen de frottis a microscopie negative augmente considerablement le nombre de cas de tuberculose pulmonaire confirmee mais il faut toujours l’associer aux outils diagnostiques classiques. Un Genexpert negatif n’elimine pas une tuberculose.