LAUSR

Un typage complementaire HLA * A d’un donneur volontaire de mœlle osseuse est realise en premiere intention en PCR-SBT biallelique avec les kits ALLELE SEQR CELERA. Le logiciel ASSIGN(CONEXIO et base d’alleles IMGT 3.23.0,1 2016-01-19) propose des resultats interpretables (6 digits), mais avec une ambiguite Cis-Trans: A * 02:01:01:06 et A * 11:172 ou bien A * 02:01:02 et A * 11:01:34. La technique SSP (Kit Olerup HLA-A * 11) exclue la possibilite du typage A * 11:172. La combinaison des resultats de SBT et de PCR SSP devrait donc mener au resultat : HLA A * 02:01:02, 11:01:34. Ce resultat etant peu vraisemblable, nous suspectons la combinaison d’un allele A * 02 new avec un allele A * 11:01:01:01 qui est frequent et qui ne differe des autres alleles A * 11:172 et 11:01:34 que sur les memes positions. Ceci est verifie en NGS (kit HOLOTYPE OMIXON), qui retrouve un nouvel allele A * 02: substitution C − >T en 228,2(par rapport au A * 02:01:01) entrainant un changement d’acide amine (isoleucine au lieu de threonine). Le NGS, apres amplification d’une grande partie du gene, fragmentation et sequencage, permet de phaser les positions polymorphes et de relier des polymorphismes eloignes presents sur le meme allele par exemple sur differents exons, ce qui n’etait pas possible en SBT. Cet exemple illustre les limites du SBT qui presente des ambiguites cis-trans du fait du sequencage separe des exons ce qui peut aboutir comme dans le cas present a un resultat faux par absence de detection d’un nouvel allele si deux alleles deja decrits permettent d’obtenir un resultat interpretable. Cette limite n’existe pratiquement plus avec le NGS grâce au phasage des exons.