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Abstract Culicoides Latreille (Diptera: Ceratopogonidae) biting midges are vectors of important animal pathogens including bluetongue virus (BTV) and epizootic hemorrhagic disease virus (EHDV). While some Culicoides species present in the southern California desert are implicated in the transmission of these viruses to ruminant animals, these species have not been extensively studied due in part to the challenge of identifying Culicoides to species and to the lack of published gene sequences for these species to support their molecular identification. In this study, Culicoides were captured using suction traps baited with either carbon dioxide or UV light from transitional habitat between the southern California peninsular mountain ranges and the Colorado desert of southeastern California. Captured midges were initially identified using traditional morphological methods, with species identification subsequently confirmed by sequence analysis of COI and 28S rDNA genes. Phylogenetic analyses support that some Culicoides subgenera are not monophyletic. Two recognized species (C. sitiens Wirth and Hubert and C. bakeri Vargas) shared the same COI and 28S sequences. An additional cryptic species may be present within C. sitiens. Two additional recognized species (C. cacticola Wirth and Hubert and C. torridus Wirth and Hubert) may be conspecific or cryptic to each other. In total, 19 Culicoides species (or species aggregate) were collected in this study, with genetic sequences published for the first time for 16 of them. Published genetic sequences will support future research on these species, including studies on the ecology and habits of their immature stages which are often tedious to identify using morphology. Abstract Los mosquitos mordedores del género Culicoides Latreille (Diptera: Ceratopogonidae) son vectores de patógenos animales importantes que incluyen los virus de enfermedad hemorrágica. Mientras algunas especies de Culicoides presentes en el desierto del sur de California están implicadas en la transmisión de estos virus a animales rumiantes, estas especies no han sido ampliamente estudiadas debido en parte al desafío de identificar Culicoides a las especies y a la falta de secuencias genéticas publicadas para estas especies que podrían apoyar su identificación molecular. En este estudio, los Culicoides fueron capturados del hábitat de transición entre las cadenas montañosas peninsulares del sur de California y el desierto de Colorado en el sureste de California usando trampas de succión cebadas con dióxido de carbono o luz ultravioleta. Los mosquitos capturados se identificaron inicialmente utilizando métodos morfológicos tradicionales, con la identificación de especies confirmada posteriormente mediante el análisis de secuencia de los genes COI y 28S ADN Ribosómico. Los análisis filogenéticos apoyan que algunos subgéneros de Culicoides no son monofiléticos. Dos especies reconocidas (C. sitiens Wirth y Hubert y C. bakeri Vargas), aunque morfológicamente distinguibles, compartían las mismas secuencias COI y 28S. Una especie críptica adicional puede estar presente dentro de C. sitiens. Dos especies adicionales reconocidas (C. cacticola Wirth y Hubert y C. torridus Wirth y Hubert) son morfológicamente inseparables y pueden ser conespecíficas o crípticas entre sí. Un total de 19 especies de Culicoides (o agregado de especies) fueron recolectadas en este estudio, con secuencias genéticas publicadas por primera vez a 16 de estas especies. Las secuencias genéticas publicadas apoyarán futuras investigaciones sobre estas especies, y pueden incluir estudios sobre la ecología y los hábitos de sus etapas inmaduras que a menudo son tediosos de identificar utilizando la morfología.