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Sceloporus aeneus y Sceloporus bicanthalis son especies de reciente evolución, similares en morfología e historia de vida, pero difieren en el modo reproductor y número de escamas cantales. Sin embargo, este último carácter es altamente variable y es el único, a una escala morfológica, que se ha usado hasta la fecha para diferenciarlas. En el presente trabajo se analizó el grado de variación morfológica de las escamas cefálicas, mediante morfometría geométrica y estadística multivariada, para determinar si el uso de estos métodos permite separar con mayor precisión ambas especies. Para ello, se utilizaron fotografías digitales de S. aeneus y S. bicanthalis y se colocaron marcas en escamas de la región dorsal, ventral y lateral de la cabeza. Los resultados muestran diferencias significativas en la forma de las escamas entre ambas especies para todas las vistas, de manera que cada especie presenta un morfotipo definido en lo que respecta a la escutelación del cráneo. El análisis sugiere que ambas especies pueden ser identificadas mediante variaciones en la forma de las escamas parietal e interparietal y no por el número de escamas cantales.