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Bien qu’Ernst Haeckel soit surtout connu comme zoologiste, il fit ses debuts scientifiques en botanique. Cet aspect de sa biographie scientifique est tres meconnu. A la lumiere du projet « Ernst Haeckel (1843-1919) : edition de la correspondance », les debuts de Haeckel en botanique ont suscite une attention croissante. Des lettres et journaux personnels inedits, ainsi que son herbier meconnu et deux articles de jeunesse, demontrent que la botanique joua un role determinant dans sa formation de 1840 a 1854. Sous l’influence de Johannes Muller, il prit ensuite la decision de faire carriere dans la zoologie. Mais son amour des plantes ne disparut jamais completement. On examine ici en profondeur le deroulement des etudes botaniques de Haeckel, on montre que les plantes tinrent une grande place dans les etudes naturalistes du jeune Haeckel et on pose la question des raisons de sa reorientation zoologique. Haeckel continua a collecter des plantes lors de ses divers voyages, sans meme que cela fut dans un but scientifique. Sa botanique devint pour une bonne part une activite esthetique, donnant lieu a de nombreux dessins et a de vives descriptions de plantes, notamment tropicales. Ajoutes a son important herbier, ils donnent une image impressionnante des activites botaniques de Haeckel.